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机器学习在蛋白质疏水相互作用模型研究中的应用
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作者 冯晨博 马维强 +1 位作者 程润 王骏 《南京大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期919-927,共9页
疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋... 疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋白质SASA的预测中.与传统的典型方法进行比较,该方法得到的结果,误差小了一个数量级,计算速度比解析方法提升了近两个数量级.将该方法拓展到基于蛋白质粗粒化结构的SASA预测上,也取得了良好的结果.该方法为蛋白质物理的研究提供了新的高效计算工具. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 疏水相互作用 溶剂可及表面积(SASA) 机器学习
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