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牛卵巢黄体细胞增殖和孕酮分泌相关基因的筛选及其表达研究 被引量：1
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作者 赵园园 孟金柱 +1 位作者 伍春亚 潘春威 《河南农业科学》 北大核心 2022年第10期125-133,共9页
旨在筛选牛卵巢大黄体细胞(LLC,直径>25μm)和小黄体细胞(SLC,直径12~25μm)之间的差异表达基因,获得黄体细胞增殖和孕酮分泌的特征性基因。使用R软件limma包对GSE83524芯片数据进行分析,筛选出LLC和SLC中的差异表达基因;使用DAVID... 旨在筛选牛卵巢大黄体细胞(LLC,直径>25μm)和小黄体细胞(SLC,直径12~25μm)之间的差异表达基因,获得黄体细胞增殖和孕酮分泌的特征性基因。使用R软件limma包对GSE83524芯片数据进行分析,筛选出LLC和SLC中的差异表达基因;使用DAVID软件对差异基因进行GO功能注释及KEGG信号通路分析;利用在线软件String和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并将其可视化;利用软件Cytoscape中的Cyto-Hubba插件筛选其中节点度最高的10个关键(Hub)基因;采用实时荧光定量PCR方法对获得的黄体细胞增殖和孕酮分泌的特征性基因在思南黄牛上进行验证。结果表明,在牛卵巢LLC和SLC中共筛选出226个差异表达基因;GO功能注释结果显示,226个差异表达基因注释到3个类别,共39组;KEGG分析结果表明,显著富集的通路有25条,其中PI3K-Akt信号通路与黄体细胞增殖和孕酮分泌密切相关;PPI网络分析获得10个节点度最高的Hub基因;实时荧光定量PCR检测结果表明,VWF、CYP19A1、CYP17A1、PRLR、BMPR2在LLC和SLC中的表达趋势与GEO芯片数据结果一致。 展开更多
关键词 思南黄牛 PI3K-AKT信号通路 小黄体细胞 大黄体细胞 孕酮
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牛优势卵泡膜细胞黄体化相关基因的筛选
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作者 孟金柱 伍春亚 +3 位作者 潘春威 安清明 吴震洋 赵园园 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2022年第3期1-9,共9页
【目的】探究牛卵巢小黄体细胞(SLCs)和膜细胞(TCs)中的差异表达基因,进而筛选与TCs黄体化密切相关的基因,为深入研究SLCs、TCs特异性及TCs向SLCs分化的机制提供参考。【方法】利用R软件limma包中的DESeq2,筛选GEO芯片数据库GSE83524数... 【目的】探究牛卵巢小黄体细胞(SLCs)和膜细胞(TCs)中的差异表达基因,进而筛选与TCs黄体化密切相关的基因,为深入研究SLCs、TCs特异性及TCs向SLCs分化的机制提供参考。【方法】利用R软件limma包中的DESeq2,筛选GEO芯片数据库GSE83524数据集TCs和SLCs中的差异表达基因,再用goseq软件对筛选出的差异表达基因进行GO功能富集分析,用kobas软件进行KEGG信号通路分析,使用String结合Cytoscape软件进行PPI网络互作分析。采集思南黄牛颗粒细胞(GCs)和TCs,以RPLP0作为内参基因,用荧光定量PCR法对筛选出的与TCs增殖及黄体化相关的基因进行验证。【结果】共筛选获得237个差异表达基因,其中表达上调的基因115个,表达下调的基因122个。GO功能分析结果显示,参与生物学过程的有147个基因,占差异表达基因总数的53.6%,分别富集于30个组;参与细胞组分的有125个基因,占差异表达基因总数的21.4%,分别富集于12个组;参与分子功能的有98个基因,占差异表达基因总数的25.0%,分别富集于14个组。KEGG分析共发现17条通路,其中可能与卵泡内膜细胞黄体化相关的通路为FSHR、PLA2G4A、CYP19A1、CYP17A1等4个基因参与的卵巢类固醇生成通路。经过PPI网络互作分析,筛选出了前10位的hub基因。荧光定量PCR分析结果显示,FSHR、PLA2G4A、CYP19A1、CYP17A1、BUB1B和KIF20A在SLCs和TCs中的转录水平与GEO芯片数据结果一致,表现为FSHR、CYP19A1和CYP17A1在TCs中的表达量极显著高于其在SLCs中的表达量(P<0.01),PLA2G4A、BUB1B和KIF20A在TCs中的表达量亦显著高于其在SLCs中的表达量(P<0.05)。【结论】差异表达基因FSHR、PLA2G4A、CYP19A1、CYP17A1、BUB1B和KIF20A在牛优势卵泡TCs增殖分化形成黄体的过程中发挥关键作用。 展开更多
关键词 牛 差异表达基因 膜细胞 小黄体细胞 黄体化
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