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跨膜蛋白201在肝细胞癌中的表达及其预后意义与作用机制 被引量:1
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作者 孙丹 费浩然 +4 位作者 杨海深 司鑫鑫 胡伟 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期61-73,共13页
背景与目的:研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,... 背景与目的:研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法:在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果:泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05),且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论:TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。 展开更多
关键词 肝细胞 跨膜蛋白201 预后 计算生物学
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ATP结合盒转运蛋白A5在胰腺癌中的预后意义的生物信息学分析与验证 被引量:1
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作者 费浩然 孙丹 +3 位作者 杨海深 司鑫鑫 胡伟 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1313-1323,共11页
背景与目的:ATP结合盒(ABC)转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而,ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学分析及临床样本验证,探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系,同时对ABCA5在... 背景与目的:ATP结合盒(ABC)转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而,ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学分析及临床样本验证,探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系,同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法:使用TCGA和GEO数据库,分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况,并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络(PPI)和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析(GSEA)和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学(GDSC)分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果:在TCGA和GEO数据集中,ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织(均P<0.05)。在TCGA和GSE62452数据集中,ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短(均P<0.05);ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.458,P=0.001;HR=0.439,P=0.017)。65例临床病例分析显示,ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平,且ABCA5低表达患者的预后更差(均P<0.05),单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.327,P=0.032)。TIMER数据库结果显示,ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示,有14个与ABCA5相关的互作蛋白;基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示,ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC50明显低于ABCA5低表达患者(均P<0.05)。� 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 预后 ATP结合盒转运蛋白A5 计算生物学 铁死亡
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膜联蛋白A5在胰腺癌中的预后意义及机制的生物信息学分析 被引量:3
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作者 李铭旭 +2 位作者 张功铭 胡伟 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1194-1202,共9页
背景与目的:胰腺癌是一种诊断较晚、预后差的侵袭性疾病,对于胰腺癌的分子机制研究对改善胰腺癌患者的预后具有重要意义。膜联蛋白A5(ANXA5)与人类肿瘤的发生与发展关系密切,但ANXA5与胰腺癌患者预后的关系及具体机制尚不十分清楚。本... 背景与目的:胰腺癌是一种诊断较晚、预后差的侵袭性疾病,对于胰腺癌的分子机制研究对改善胰腺癌患者的预后具有重要意义。膜联蛋白A5(ANXA5)与人类肿瘤的发生与发展关系密切,但ANXA5与胰腺癌患者预后的关系及具体机制尚不十分清楚。本研究通过生物信息学分析结合实验验证探讨ANXA5的表达与胰腺癌预后的关系及其作用机制。方法:从TCGA和GEO数据库(GSE15471、GSE16515、GSE21501)下载胰腺癌转录组及临床数据,利用R包分析GEO数据库中ANXA5基因在胰腺癌组织与癌旁正常组织的表达情况,并利用GEPIA在线网站分析TCGA数据库中胰腺癌患者组织与GTEx数据库中正常组织ANXA5基因表达情况。采用KaplanMeier的方法分析ANXA5的表达水平对胰腺癌患者总生存时间的影响,然后单因素及多因素Cox分析判断胰腺癌相关危险因素,并利用GSEA分析ANXA5在胰腺癌中可能的信号通路并分析其相关性。最后采用免疫组织化学法检测49例胰腺癌组织和癌旁组织中ANXA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。结果:数据库分析显示,在GSE15471与GSE16515数据集,以及TCGA数据库中ANXA5在胰腺癌组织中的均表达明显升高(均P<0.05);在GSE21501数据集与TCGA数据库中ANXA5高表达的患者总体生存期明显短于低表达患者(均P<0.05);TCGA中ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.819,95%CI=1.058~3.126,P=0.03);ANXA5基因与胰腺癌TGF-β通路及肿瘤上皮-间质转化(EMT)高度相关。胰腺癌组织样本分析结果显示,ANXA5的表达明显高于癌旁组织(P<0.001),且此基因高表达预示着较差的预后(P=0.0082);ANXA5表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=3.06,95%CI=1.046~8.952,P=0.041);ANXA5的表达与肿瘤临床分期(P=0.00094)及淋巴结转移(P<0.001)明显相关。结论:ANXA5在胰腺癌中表达升高,其高表达是胰腺癌患者预后的危险因素,其机制可能是通过TGF- 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 膜联蛋白A5 预后 计算生物学
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DEP结构域蛋白质1B在胰腺癌中的表达及其临床意义 被引量:3
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作者 李铭旭 +2 位作者 张功铭 胡伟 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期261-268,共8页
背景与目的:已有研究显示,DEP结构域蛋白质1B(DEPDC1B)在多种肿瘤中异常表达并在肿瘤进展中发挥重要作用,DEPDC1B在胰腺癌中的表达水平及临床意义尚不清楚。本研究通过检测胰腺癌组织中DEPDC1B的表达,分析其与胰腺癌患者临床病理特征及... 背景与目的:已有研究显示,DEP结构域蛋白质1B(DEPDC1B)在多种肿瘤中异常表达并在肿瘤进展中发挥重要作用,DEPDC1B在胰腺癌中的表达水平及临床意义尚不清楚。本研究通过检测胰腺癌组织中DEPDC1B的表达,分析其与胰腺癌患者临床病理特征及预后的关系,从而探讨其在胰腺癌中的临床意义。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达数据库(GEO)的胰腺癌患者临床数据,分析DEPDC1B在胰腺癌组织中的表达情况,采用Kaplan-Meier生存曲线及Cox风险模型分析DEPDC1B表达与胰腺癌患者预后的关系。采用免疫组织化学法检测97例胰腺癌组织和癌旁组织中DEPDC1B的表达,根据患者临床资料进一步分析DEPDC1B与胰腺癌临床病理特征以及胰腺癌患者预后的关系。结果:在TCGA与GEO的GSE16515、GSE15471和GSE28735数据集中,DEPDC1B在胰腺癌组织中的表达明显高于匹配的正常组织(均P<0.05);在TCGA数据库与GSE28735数据集中,DEPDC1B高表达胰腺癌患者生存时间明显缩短(均P<0.05);TCGA中DEPDC1B表达是胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.32,95%CI=1.118~1.559,P=0.001)。97例临床胰腺癌患者中,胰腺癌组织中DEPDC1B的阳性表达率明显高于癌旁组织胰腺组织(69.07%vs.11.34%,P<0.001);DEPDC1B的表达与分化程度、临床分期及淋巴结转移有关(均P<0.05);DEPDC1B高表达患者总生存期明显短于低表达患者(P<0.05);DEPDC1B表达是预后的独立危险因素(HR=1.126,95%CI=1.012~1.253,P=0.029)。结论:DEPDC1B高表达可能参与胰腺癌的发生、发展及转移过程,并可作为判断胰腺癌预后的重要指标。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 DEP结构域蛋白质1B 预后 生物标记 肿瘤
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乡村学校社会教化功能发挥个案研究 被引量:1
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作者 《教育科学论坛》 2012年第7期5-7,共3页
学校与乡村的需要紧密联系,通过传递符合乡村实际需要的知识理念和对村民进行有利于其身心发展、促进社会和谐的教育活动,促进村民的进步,净化乡村社会空气、整治乡村社会风俗。乡村学校这一社会教化功能的发挥要依靠学校自身、学校教... 学校与乡村的需要紧密联系,通过传递符合乡村实际需要的知识理念和对村民进行有利于其身心发展、促进社会和谐的教育活动,促进村民的进步,净化乡村社会空气、整治乡村社会风俗。乡村学校这一社会教化功能的发挥要依靠学校自身、学校教师、乡村学生以及乡村大环境的共同作用。 展开更多
关键词 社会教化 乡村学校 现状
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关于重视教育个人本位的思考 被引量:1
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作者 《科教导刊》 2011年第31期8-9,共2页
关于教育的目的有社会本位和个人本位两种观点。我国教育在个人发展方面有一定的积极作用,但是,它更倾向于为社会服务而忽略了个体,过于强调社会本位。文章论述了开展教育活动的过程中强调个体的必要性及正确认识教育所传授的知识本身... 关于教育的目的有社会本位和个人本位两种观点。我国教育在个人发展方面有一定的积极作用,但是,它更倾向于为社会服务而忽略了个体,过于强调社会本位。文章论述了开展教育活动的过程中强调个体的必要性及正确认识教育所传授的知识本身的价值,为教育发展提出合理建议。 展开更多
关键词 教育目的 个人本位 教育自身价值
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Quantum transport through a multi-quantum-dot-pair chain side-coupled with Majorana bound states
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作者 江兆潭 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2016年第6期474-482,共9页
We investigate the quantum transport properties through a special kind of quantum dot(QD) system composed of a serially coupled multi-QD-pair(multi-QDP) chain and side-coupled Majorana bound states(MBSs) by usin... We investigate the quantum transport properties through a special kind of quantum dot(QD) system composed of a serially coupled multi-QD-pair(multi-QDP) chain and side-coupled Majorana bound states(MBSs) by using the Green functions method,where the conductance can be classified into two kinds:the electron tunneling(ET) conductance and the Andreev reflection(AR) one.First we find that for the nonzero MBS-QDP coupling a sharp AR-induced zero-bias conductance peak with the height of e^2/h is present(or absent) when the MBS is coupled to the far left(or the other) QDP.Moreover,the MBS-QDP coupling can suppress the ET conductance and strengthen the AR one,and further split into two sub-peaks each of the total conductance peaks of the isolated multi-QDPs,indicating that the MBS will make obvious influences on the competition between the ET and AR processes.Then we find that the tunneling rate ΓLis able to affect the conductances of leads L and R in different ways,demonstrating that there exists a ΓL-related competition between the AR and ET processes.Finally we consider the effect of the inter-MBS coupling on the conductances of the multi-QDP chains and it is shown that the inter-MBS coupling will split the zero-bias conductance peak with the height of e^2/h into two sub-peaks.As the inter-MBS coupling becomes stronger,the two sub-peaks are pushed away from each other and simultaneously become lower,which is opposite to that of the single QDP chain where the two sub-peaks with the height of about e^2/2h become higher.Also,the decay of the conductance sub-peaks with the increase of the MBS-QDP coupling becomes slower as the number of the QDPs becomes larger.This research should be an important extension in studying the transport properties in the kind of QD systems coupled with the side MBSs,which is helpful for understanding the nature of the MBSs,as well as the MBS-related QD transport properties. 展开更多
关键词 electron transport quantum dot Andreev reflection
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Quantum Transport through a Triple Quantum Dot System in the Presence of Majorana Bound States
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作者 江兆潭 曹智远 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2016年第5期622-628,共7页
We study the electron transport through a special quantum-dot(QD)structure composed of three QDs and two Majorana bound states(MBSs)using the nonequilibrium Green’s function technique.This QD-MBS ring structure inclu... We study the electron transport through a special quantum-dot(QD)structure composed of three QDs and two Majorana bound states(MBSs)using the nonequilibrium Green’s function technique.This QD-MBS ring structure includes two channels with the two coupled MBSs being Channel 1 and one QD being Channel 2,and three types of transport processes such as the electron transmission(ET),the Andreev reflection(AR),and the crossed Andreev reflection(CAR).By comparing the ET,AR,and CAR processes through Channels 1 and 2,we make a systematic study on the transport properties of the QD-MBS ring.It is shown that there appear two kinds of characteristic transport patterns for Channels 1 and 2,as well as the interplay between the two patterns.Of particular interest is that there exists an AR-assisted ET process in Channel 2,which is different from that in Channel 1.Thus a clear"X"pattern due to the ET and AR processes appears in the ET,AR,and CAR transmission coefficients.Moreover,we study how Channel 2 affects the three transport processes when Channel 1 is tuned in the ET and CAR regimes.It is shown that the transport properties of the ET,AR and CAR processes can be adjusted by tuning the energy level of the QD embedded in Channel 2.We believe this research should be a helpful reference for understanding the transport properties in the QD-MBS coupled systems. 展开更多
关键词 electron transport quantum dot Andreev reflection
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