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侵染番茄的黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒和马铃薯S病毒CP基因克隆及序列分析 被引量：4
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作者 于沛侠 赵慧琪 +2 位作者 刘勇 王德富 牛颜冰 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第22期12-18,共7页
以山西省晋中地区表现褪绿黄化、卷曲、叶脉变黑症状的番茄植株叶片为试材,采用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(Sequence-independent amplification,SIA)方法,对侵染番茄病样的病毒病原进行检测,以期为山... 以山西省晋中地区表现褪绿黄化、卷曲、叶脉变黑症状的番茄植株叶片为试材,采用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(Sequence-independent amplification,SIA)方法,对侵染番茄病样的病毒病原进行检测,以期为山西省番茄病毒病的防治提供参考依据。结果表明:该病样由黄瓜花叶病毒(CMV)、烟草花叶病毒(TMV)和马铃薯S病毒(PVS)3种病毒复合侵染,将其分别命名为CMV-SXFQ、TMV-FQ和PVS-SXFQ。为明确CMV-SXFQ、TMV-FQ和PVS-SXFQ的分类地位,进一步克隆到了这3个病毒的CP基因序列并进行相似性比较,发现CMV-SXFQ与CMV各亚组代表株系相似性为74.9%~98.8%,氨基酸序列的相似性为82.5%~99.5%;TMVFQ与TMV代表株系相似性为74.4%~99.8%,氨基酸序列的相似性为83.6%~100.0%;PVS-SXFQ与PVS代表株系相似性为93.2%~99.3%,氨基酸序列的相似性为92.4%~100.0%;系统进化分析表明:CMV-SXFQ分离物与亚组ⅠB的CH、HLJ、XJ2、Am、As株系亲缘关系最近;TMV-FQ分离物与IM、Jimo、SXFQ株系亲缘关系最近;PVSSXFQ分离物与Cm、St株系亲缘关系最近。 展开更多
关键词 番茄 复合侵染 烟草花叶病毒 黄瓜花叶病毒 马铃薯S病毒
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小RNA深度测序技术分析西瓜花叶病毒蜀葵分离物 被引量：3
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作者 张丽 于沛侠 +4 位作者 齐永红 裴燕妮 咸珅 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期324-332,共9页
蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosa... 蜀葵病毒病害的发生对其生长造成严重影响,明确蜀葵病毒病害的种类及变异进化对蜀葵病毒病害的防治具有重要意义。利用小RNA深度测序技术对具有明显脉明、花叶症状的蜀葵叶片进行鉴定。结果发现,感病蜀葵被西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、锦葵脉明病毒(Mala vein cleaning virus, MVCV)和一种新的RNA病毒[暂命名为蜀葵病毒1号(Althaea rosea virus1, ArV1)]所侵染。为进一步明确WMV蜀葵分离物(WMV-Tg)的进化关系,对病毒WMV-Tg全基因组进行扩增,获得全长为10 046个核苷酸序列(nt)。序列分析结果显示,WMV-Tg与已报道的WMV分离物基因组核苷酸序列的同源性为83.3%～90.2%。系统进化关系表明,WMV-Tg与WMV-Pg聚为一簇,亲缘关系最近。对蜀葵WMV-Tg来源的小RNA(WMV-derived small interfering RNAs, WMV-vsiRNAs)的长度分布、5′碱基偏好性、极性分布以及热点区分布的分析,有助于加深对WMV-vsiRNAs的了解,并为进一步研究病毒来源的小RNA(virus-derived small interfering RNAs, vsiRNAs)在抗病毒防御中的功能,以及为蜀葵病毒病的防治奠定理论基础。 展开更多
关键词 蜀葵 西瓜花叶病毒 小RNA深度测序
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侵染芹菜的甜椒内源RNA病毒鉴定及序列分析
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作者 赵兴华 于沛侠 +2 位作者 陈丽君 王德富 牛颜冰 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期143-146,153,共5页
本试验利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)提取技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对表现皱缩症状的芹菜进行分子鉴定,发现芹菜被甜椒内源RNA病毒Bell pepper alphaendornavirus(BPEV)所侵染。... 本试验利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)提取技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对表现皱缩症状的芹菜进行分子鉴定,发现芹菜被甜椒内源RNA病毒Bell pepper alphaendornavirus(BPEV)所侵染。为进一步明确山西芹菜BPEV分离物(BPEV-QC,GenBank登录号为KY659226)的分类地位,根据SIA测序结果设计BPEV特异性引物进行RT-PCR检测,并进行序列相似性比较和系统进化分析。序列同源性分析表明:BPEV-QC与BPEV分离物(IS、Maor、Kyosuzu、BPEV、lj、BPEV-YW)的同源性为80.0%~97.8%,与其他内源RNA病毒科分离物的同源性仅为30.6%~37.6%,表明:BPEV-QC与BPEV分离物(IS、Maor、Kyosuzu、BPEV、lj)形成一个独立分支,亲缘关系最近。 展开更多
关键词 芹菜 病原鉴定 甜椒内源RNA病毒 序列分析
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