本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02%,平均每9.00 kb出现1个位点。单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4%...本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02%,平均每9.00 kb出现1个位点。单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4%和14.04%;其它特性重复类型数量较少,所占比例均不足1%。二核苷酸重复基元类型中以AG/CT、AC/GT为优势重复基元,分别占总SSR位点数目的25.37%和2.02%;三核苷酸重复基元类型以AAG/CCT为主,占总SSR位点数目的 3.13%。设计合成125对EST-SSR引物,并随机选取8份形态学差异明显的火龙果种质提取基因组DNA,进行PCR扩增,采用琼脂糖凝胶电泳和10%聚丙烯变性凝胶电泳检测方法对引物进行初步检测,筛选出32对扩增条带锐利清晰的引物。选取38份火龙果种质对筛选出的引物进行多态性检测,获得16对多态性较好的引物,共扩增出47个多态性位点,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)范围为0.243～0.667,平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.459,平均观测等位基因数(number of alleles, Na)为3,平均香农信息指数(Shannon's information index, I)为0.891;利用引物C31931、C13719和C32141等8种引物组合可以有效区分38份火龙果种质,构建其DNA的EST-SSR指纹图谱;UPGMA聚类分析,以0.62为阈值,可将38份火龙果种质分为3类:第一类包括红肉与粉红肉种质,第二类为白肉种质,第三类为蛇鞭柱属的2个种质。本研究基于火龙果转录组测序序列开发了一批具有高度多态性潜力的SSR引物,该引物可有效地将38份火龙果种质区分开来。因此,基于火龙果转录组测序开发的EST-SSR标记,可为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源。展开更多
文摘本研究利用MISA软件筛选火龙果转录组测序获得的108 127条Unigenes,共检测出7 622个EST-SSR位点,其发生频率为6.02%,平均每9.00 kb出现1个位点。单核苷酸重复类型占优势,占总EST-SSR位点的56.59%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占28.4%和14.04%;其它特性重复类型数量较少,所占比例均不足1%。二核苷酸重复基元类型中以AG/CT、AC/GT为优势重复基元,分别占总SSR位点数目的25.37%和2.02%;三核苷酸重复基元类型以AAG/CCT为主,占总SSR位点数目的 3.13%。设计合成125对EST-SSR引物,并随机选取8份形态学差异明显的火龙果种质提取基因组DNA,进行PCR扩增,采用琼脂糖凝胶电泳和10%聚丙烯变性凝胶电泳检测方法对引物进行初步检测,筛选出32对扩增条带锐利清晰的引物。选取38份火龙果种质对筛选出的引物进行多态性检测,获得16对多态性较好的引物,共扩增出47个多态性位点,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)范围为0.243～0.667,平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.459,平均观测等位基因数(number of alleles, Na)为3,平均香农信息指数(Shannon's information index, I)为0.891;利用引物C31931、C13719和C32141等8种引物组合可以有效区分38份火龙果种质,构建其DNA的EST-SSR指纹图谱;UPGMA聚类分析,以0.62为阈值,可将38份火龙果种质分为3类:第一类包括红肉与粉红肉种质,第二类为白肉种质,第三类为蛇鞭柱属的2个种质。本研究基于火龙果转录组测序序列开发了一批具有高度多态性潜力的SSR引物,该引物可有效地将38份火龙果种质区分开来。因此,基于火龙果转录组测序开发的EST-SSR标记,可为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源。
