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SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
被引量：
6
1
作者
何俊
钱长嵩
+2 位作者
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期305-314,共10页
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计...
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计模型和分析方法,可以估计出每个品种(祖先)对于个体基因组的遗传贡献比例,又称为个体的基因组品种构成(genomic breed composition,GBC)。本文介绍了利用SNP芯片数据估计动物个体GBC的原理、方法及步骤,并且通过对198头待鉴定的日本红毛和牛GBC的评估,演示了用回归模型和混合分布模型估计动物个体GBC的具体步骤,其中包括SNP子集的筛选、参考群体中动物个体选择以及待测定动物GBC的计算。参考动物群体选自日本红毛和牛(Akaushi)、安格斯牛(Angus)、海福特牛(Hereford)、荷斯坦牛(Holstein)和娟珊牛(Jersey)5个品种共36 574头,每个个体有40K或50K芯片数据。本文在现有商用SNP芯片基础上筛选用于品种鉴定和估计动物个体GBC的SNP子集,是对现有SNP芯片功能的拓展和深入开发利用。此外,在基因组选择中如何利用SNP基因型估计动物个体GBC的结果,提高纯种和杂种动物的预测准确度,也是值得深入研究的领域。
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关键词
基因组品种构成
回归模型
混合分布模型
基因组预测
SNP芯片
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职称材料
一种产品生产规划模型
2
作者
张敏洪
《物流技术》
2004年第4期26-27,共2页
在对供应链中运输、库存、产品生产计划分析的 基础上,提出了一种解决厂家产品生产规划的混合整数规划 模型。
关键词
供应链
产品规划
混合整数优化模型
企业
用户需求
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职称材料
题名
SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
被引量：
6
1
作者
何俊
钱长嵩
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
机构
湖南农业大学动物科技学院
纽勤生物科技(上海)有限公司
美国纽勤公司生物信息与生物统计部
美国威斯康星大学动物科学系
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期305-314,共10页
基金
湖南省百人计划项目和湖南省畜禽安全生产协同创新中心项目资助
文摘
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计模型和分析方法,可以估计出每个品种(祖先)对于个体基因组的遗传贡献比例,又称为个体的基因组品种构成(genomic breed composition,GBC)。本文介绍了利用SNP芯片数据估计动物个体GBC的原理、方法及步骤,并且通过对198头待鉴定的日本红毛和牛GBC的评估,演示了用回归模型和混合分布模型估计动物个体GBC的具体步骤,其中包括SNP子集的筛选、参考群体中动物个体选择以及待测定动物GBC的计算。参考动物群体选自日本红毛和牛(Akaushi)、安格斯牛(Angus)、海福特牛(Hereford)、荷斯坦牛(Holstein)和娟珊牛(Jersey)5个品种共36 574头,每个个体有40K或50K芯片数据。本文在现有商用SNP芯片基础上筛选用于品种鉴定和估计动物个体GBC的SNP子集,是对现有SNP芯片功能的拓展和深入开发利用。此外,在基因组选择中如何利用SNP基因型估计动物个体GBC的结果,提高纯种和杂种动物的预测准确度,也是值得深入研究的领域。
关键词
基因组品种构成
回归模型
混合分布模型
基因组预测
SNP芯片
Keywords
admixture
model
genomic
breed
composition
genomic
prediction
regression
model
s
SNP
chip
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
一种产品生产规划模型
2
作者
张敏洪
机构
中科院研究生院数学系
出处
《物流技术》
2004年第4期26-27,共2页
基金
中科院研究生院院长基金项目(YZJJ200201)
文摘
在对供应链中运输、库存、产品生产计划分析的 基础上,提出了一种解决厂家产品生产规划的混合整数规划 模型。
关键词
供应链
产品规划
混合整数优化模型
企业
用户需求
Keywords
product
planning
supply
chain
management
admixture
integtal
optimized
model
分类号
F274 [经济管理—企业管理]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
何俊
钱长嵩
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018
6
下载PDF
职称材料
2
一种产品生产规划模型
张敏洪
《物流技术》
2004
0
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职称材料
已选择
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